Mart ayında FIFA da, 2006 Dünya Kupası'na Almanya'da evsahipliği yapma hakkını elde etmesinde rol oynayan altı kişi hakkında soruşturma başlatmıştı. İsviçre savcılığı ise BBC'ye, kendi soruşturmalarını yürüttüklerini açıkladı.
2006 Dünya Kupası'nın Almanya'da yapılmasını sağlamak için öncülük eden Beckenbauer yolsuzluk suçlamalarını reddediyor. 2000 yılında yapılan oylamada Almanya 12 oy aldığı oylamada bir oy farkla 11 oy alan Güney Afrika'yı geçerek Dünya Kupası'na evsahipliğine hak kazanmıştı.
Alman Spiegel dergisi soruşturmanın 2002-2005 yılları arasında 10.2 milyon dolara ulaşan ödemeler üzerine yoğunlaştığını yazdı.
FIFA'nın soruşturmasında Beckenbauer'un yanısıra Alman futbolunun o dönemdeki yöneticileri Wolfgang Niersbach, Helmut Sandrock, Theo Zwanziger, Horst Schmidt ve Stefan Hans'ın adları geçiyor.
Beckenbauer Ekim ayındaki açıklamasında "oyların satın alması için kimseye para vermediğini" söylemişti.